O ozônio apresenta um maior custo de instalação, entretanto a longo prazo esse custo se paga, ou seja, a longo prazo o tratamento de águas com ozônio torna-se mais barato que com cloro, pois além de não precisar adquirir tais produtos químicos não há a necessidade de armazenamento de cloro nem a exposição de operadores com tais produtos. Desta forma o ozônio torna-se mais atrativo tanto economicamente quanto a niveis de segurança do trabalho. Como as estações de tratamento de água são gerenciadas pelos orgãos públicos, o elevado custo de instalação impede que seja utilizado ozônio no tratamento.