Не совсем понятно про какие файлы мы сейчас говорим, но все-таки :)
При переустановке Windows обычно вы теряете все файлы, программы и настройки на диске C. Поэтому перед установкой необходимо скопировать все нужное на другой локальный диск, если он есть или в любое иное место - флешку, CD и т.п.
Так же отмечу, что установленные программы так же придется переустанавливать даже если они установлены на диск D.
Однако, сегодня есть множество способов сделать все это более комфортным, и провести переустановку без особых проблем!