Rodrigo, em meu emprego fixo eu trabalho com um iMac e acabo usando Photoshop, mas em todos outros projetos pessoais e freelas que participo uso sim apenas Software Livre: Gimp, Inkscape, NetBeans (código), etc.
Alternativa ao Flash, por mais que existam alguns projetos (como o F4L - Flash For Linux), nenhum desses projetos tem consistência ou se equiparam as funcionalidades do Flash. Porém, eu acredito que o uso do Flash é algo que deva ser muito ponderado, deve-se avaliar a real necessidade. Hoje usa-se Flash para trabalhos que poderiam ser feitos com CSS ou Jquery. Já existem Plugins para rodar SVG no browser, e aliando isso a Javascript consegue-se ótimos resultados. Logo mais teremos as tags "video" e "audio" no HTML5, que irão dispensar o uso do Flash para essas finalidades. Eu espero sinceramente que o mercado e a comunidade profissional supere o Flash, seu uso inapropriado e sua inacessibilidade.

Recentemente escrevi sobre Design em Software Livre - http://www.agni.art.br/porque-usar-software-livre-no-design/ - Dê uma lida :)

Abçs