Entendo perfeitamente possível a restrição no que tange aos sujeitos, pois o artigo 27da Lei 9.868/99 não estabelece como será a restrição. Seria possível, em tese, que a permissão do citado artigo 27 abarcasse tanto a modulação temporal quanto a modulação subjetiva. Veja abaixo:

Art. 27. Ao declarar a inconstitucionalidade de lei ou ato normativo, e tendo em vista razões de segurança jurídica ou de excepcional interesse social, poderá o Supremo Tribunal Federal, por maioria de dois terços de seus membros, restringir os efeitos daquela declaração ou decidir que ela só tenha eficácia a partir de seu trânsito em julgado ou de outro momento que venha a ser fixado.

Porém, fico a imaginar uma hipótese em que seria justificável a restrição subjetiva dos efeitos erga omnes e não consigo vislumbrá-la. Digo isso porque o fundamento da modulação é justamente o fato de que os efeitos retroativos (no tempo) podem ser mais danosos do que a conservação temporária da lei no ordenamento jurídico.

Assim, como a modulação passa, na sua aplicação, por um juízo de ponderação em que impera a máxima de proporcionalidade, me parece que embora o artigo 27 da Lei 9.868/99 dê a abertura para tanto, ainda haveria que se verificar uma hipótese em que a limitação subjetiva dos efeitos se apresentasse como necessária e suficiente a resguardar a segurança jurídica e o excepcional interesse social.

Mais sobre o tema, aqui: http://www.colnago.adv.br/?p=79