Hola, que tal... No creo que tengas ningun inconveniente en publicar por SiteBuilder y FTP a la vez. Pero, mi consejo personal, es que no utilices ninguno de los dos. Utiliza algun software como Dreamweaver para realizar tu diseño y subelos al servidor, por medio de un disco de red, que puedes generar desde Hostgator, amenos que tengas Windows 7, que hasta ahora, no se puede insertar disco de red, en dicho sistema operativo, pero puedes subirlo por el mismo cPanel, o allí si, puedes optar por FTP.

Un saludo, ante cualquier duda, consultame.